Učestalost dezinfekcije stetoskopa ovisi o scenariju upotrebe i okruženju:
U običnim ambulantama, ako se stetoskop koristi samo za opće pacijente i nema očigledne kontaminacije, preporučuje se dezinfekcija 1-2 puta sedmično.
U odeljenjima kao što su pedijatrija i respiratorna odeljenja koja su lako izložena infektivnim patogenima, ili u posebnim prostorima kao što su odeljenja za infektivne bolesti i jedinice intenzivne njege, dezinfekciju treba izvršiti nakon svake upotrebe.
Ako stetoskop koristi više različitih pacijenata u kratkom vremenskom periodu, najbolje je dezinfikovati ga nakon svake upotrebe, čak i ako je interval kratak.